MirGeneDB ID | Ocu-Mir-105-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-105 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAAAUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-105a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-105-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-105-P2 Cfa-Mir-105-P2 Cja-Mir-105-P2 Eca-Mir-105-P2 Hsa-Mir-105-P2 Mml-Mir-105-P2 Mmr-Mir-105-P2 Pab-Mir-105-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0033: 390331-390389 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-105-P2) |
Mir-105-P1
chrUn0033: 388180-388238 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-105-P2 chrUn0033: 390331-390389 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUUGCAGAACCUUCUGAGUGUGCAUCGUGGUCAAAUGCUCAGACUCCUGUGGUGGCUGCUCAUGCACCACGGACGUUUGAGCAUGUGCUACGGUGUCUACUUUAGCUACUUUGACGUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUUGCAGAACCUUCUGA--| U U A - U GCUG GUG GCAUCGUGG CA AUGCUCAGAC UCC GUGGUG C CAU UGUGGCAUC GU UACGAGUUUG AGG CACCAC U UCUGCAGUUUCAUCGAUUU^ C - G C - GUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ocu-Mir-105-P2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0048192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAAAUGCUCAGACUCCUGUGGUG -24
Get sequence
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Star sequence | Ocu-Mir-105-P2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0048193 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CCACGGACGUUUGAGCAUGUGCU -59
Get sequence
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