MirGeneDB ID | Pma-Mir-153-o3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-153 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCAUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pma-mir-153-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-153-o1 Pma-Mir-153-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-153 Asu-Mir-153 Bfl-Mir-153 Bko-Mir-153 Bla-Mir-153 Bpl-Mir-153 Cin-Mir-153 Cte-Mir-153 Dgr-Mir-153 Dma-Mir-153 Dpu-Mir-153 Eba-Mir-153 Egr-Mir-153 Gsa-Mir-153 Gsp-Mir-153 Hmi-Mir-153 Hru-Mir-153 Isc-Mir-153 Lan-Mir-153 Lgi-Mir-153 Llo-Mir-153 Mgi-Mir-153 Mom-Mir-153 Npo-Mir-153 Obi-Mir-153 Ofu-Mir-153 Ovu-Mir-153 Pau-Mir-153 Pca-Mir-153 Pcr-Mir-153 Pdu-Mir-153 Pfl-Mir-153 Pmi-Mir-153 Pve-Mir-153 Rph-Mir-153 Sko-Mir-153 Sme-Mir-153 Snu-Mir-153 Spu-Mir-153 Tur-Mir-153 War-Mir-153 Xbo-Mir-153 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046102.1: 491761-491824 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAGCCGGCGCCGUGCGUGGCUGUGGCCGAUAUCAUUUUUGUGACCUGCAGCUUGUACCCUCGCCGCCCAGUUGCAUAGUCACAAAAGUGAUCAUCGGAGGCAGCCGCCCUCCGCACACCUACAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGCCGGCGCCGUGCGU-- GG - C-| UGUACCC GGCUGU CCGAU AUCAUUUUUGUGAC UGCAGCU U CCGACG GGCUA UAGUGAAAACACUG ACGUUGA C GACAUCCACACGCCUCCCG GA C AU^ CCCGCCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pma-Mir-153-o3_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUCAUUUUUGUGACCUGCAGCU -22
Get sequence
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Mature sequence | Pma-Mir-153-o3_3p |
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mirBase accession | MIMAT0019484 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UUGCAUAGUCACAAAAGUGAUCAU -64
Get sequence
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