| MirGeneDB ID | Sko-Mir-4830-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-4830 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUCUUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sko-mir-4830b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sko-Mir-4830-P1 Sko-Mir-4830-P3 Sko-Mir-4830-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. kowalevskii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Skow_1.1) |
NW_003129909.1: 5103-5163 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4830-P2) |
Mir-4830-P3
NW_003129909.1: 4632-4691 [-]
Mir-4830-P2 NW_003129909.1: 5103-5163 [-] Mir-4830-P1 NW_003129909.1: 5451-5514 [-] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGUGAUUCUCACCAGAUAAGUCUGUUUUUGUCUCUUGAGUGCCAUAUGGAGGACAAAAGCGUUCUAUUUCUCCUUAUGCACCCCAGAGACAAAAACUAACAUUUCAACAUCUCAAAGUUCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUGAUUCUCACCAGAUAA--| CU UGA C U CAAAAG GU GUUUUUGUCUCU GUGC AUA GGAGGA C CA CAAAAACAGAGA CACG UAU CCUCUU G ACUUGAAACUCUACAACUUUA^ AU CCC - U UAUCUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Sko-Mir-4830-P2_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0020042 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUCUUGAGUGCCAUAUGGAGGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Sko-Mir-4830-P2_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0020043 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUCCUUAUGCACCCCAGAGACA -61
Get sequence
|
