MirGeneDB ID | Aae-Mir-1891-P2-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1891 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGAGGAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Yellow fever mosquito (Aedes aegypti) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aae-mir-1891-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aae-Mir-1891-P1-v1 Aae-Mir-1891-P1-v2 Aae-Mir-1891-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. aegypti | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Culicidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Aaeg_L3) |
supercont1.199: 1109713-1109772 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1891-P2-v2) |
Mir-1891-P2-v2
supercont1.199: 1109713-1109772 [-]
Ensembl
Mir-1891-P2-v1 supercont1.199: 1109714-1109771 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AACACUUAUCGGAUAUCUUUUUCCGUCAUGUUGAGGAGUUAAUUUGCGUGUUUUUGUAUUUGAUUAAACACGUCCAUUAACUCUGGUACAUGAUGAUAAAAGCGAACAACAGGACCGGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AACACUUAUCGGAUAUC--| UC UGA UU UUGUA UUUU CGUCAUGU GGAGUUAAU GCGUGUUU U AAAA GUAGUACA UCUCAAUUA UGCACAAA U CAGGCCAGGACAACAAGCG^ UA UGG CC UUAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aae-Mir-1891-P2-v2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0014263 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGAGGAGUUAAUUUGCGUGUUU -23
Get sequence
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Star sequence | Aae-Mir-1891-P2-v2_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- ACACGUCCAUUAACUCUGGUACA -60
Get sequence
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