MirGeneDB ID | Aca-Mir-727-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-727 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGUCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-727 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Mir-727-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cpi-Mir-727-v1 Spt-Mir-727 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
3: 28511685-28511750 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-727-v1) |
Mir-727-v1
3: 28511685-28511750 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-727-v2 3: 28511687-28511748 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUGGAACUUGAUUGCCCUGUAUGUCAUUUUCAGUCUUCAAUUCCUCCCAGCCCGUUAAAUGGAAAAGGUGAGUUGAGGCGAGUUGAAGACUAAAAAUGCUGUGCAGAUUCAAGGUAACUUUCCCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUGGAACUUGAUUGCC--| U C CU - CCGUUAAAU CUGUAUG CAUUUU AGUCUUCAAUUC CC CAGC G GACGUGU GUAAAA UCAGAAGUUGAG GG GUUG G ACCCUUUCAAUGGAACUUA^ C A C- A AGUGGAAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aca-Mir-727-v1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0021987 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCAGUCUUCAAUUCCUCCCAGC -22
Get sequence
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Star sequence | Aca-Mir-727-v1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0021988 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- UGAGGCGAGUUGAAGACUAAAA -66
Get sequence
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