MirGeneDB ID | Bko-Mir-1-P23a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Monogonont Rotifer 2 (Brachionus koreanus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bko-Mir-1-P22 Bko-Mir-1-P23b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-1 Aga-Mir-1 Agr-Mir-1 Asu-Mir-1 Bfl-Mir-1 Bge-Mir-1 Bla-Mir-1 Bpl-Mir-1-P23 Cbr-Mir-1 Cel-Mir-1 Cin-Mir-1 Cte-Mir-1 Dan-Mir-1 Dgr-Mir-1 Dlo-Mir-1 Dma-Mir-1 Dme-Mir-1 Dmo-Mir-1 Dpu-Mir-1 Dsi-Mir-1 Dya-Mir-1 Eba-Mir-1 Egr-Mir-1 Esc-Mir-1 Gpa-Mir-1 Gsa-Mir-1 Gsp-Mir-1 Hme-Mir-1 Hmi-Mir-1 Hru-Mir-1 Isc-Mir-1 Lan-Mir-1 Lgi-Mir-1 Lhy-Mir-1 Llo-Mir-1 Mgi-Mir-1 Mom-Mir-1 Obi-Mir-1 Ofu-Mir-1 Ovu-Mir-1 Pau-Mir-1 Pca-Mir-1 Pcr-Mir-1 Pdu-Mir-1 Pfl-Mir-1 Ple-Mir-1 Pmi-Mir-1 Rph-Mir-1 Sko-Mir-1 Sma-Mir-1 Sne-Mir-1 Snu-Mir-1 Spu-Mir-1 Sro-Mir-1 Tca-Mir-1 Tur-Mir-1 War-Mir-1 Xbo-Mir-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | B. koreanus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Brachionus_koreanusGCA_016987375.1_Bk_v0.5.4_genom) |
PJRA01000509.1: 691716-691778 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACCAUUCCAUUCGUGUAAUUGACUAAUUAGACGCACUUAUCUACAAAUCCAUAUUGAUUUAAAUUUAAUUAUGGAAUGUAGUGAAGUGCGUUGAAUUGUUACACGUAUCAUCGAUGGACUCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACCAUUCCAUUCGUGUAAU---| U A AU AA UUGAUUU UGAC AAUU GACGCACUU CUACA UCCAUA A AUUG UUAA UUGCGUGAA GAUGU AGGUAU A UACUCAGGUAGCUACUAUGCAC^ - G GU A- UAAUUUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Bko-Mir-1-P23a_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACGCACUUAUCUACAAAUCCAUA -23
Get sequence
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Mature sequence | Bko-Mir-1-P23a_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- UGGAAUGUAGUGAAGUGCGUUG -63
Get sequence
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