MirGeneDB ID | Bta-Mir-3431 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-3431 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUCAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-3431 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | B. taurus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | B. taurus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037357.1: 34445022-34445083 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3431) |
Mir-3431
NC_037357.1: 34445022-34445083 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-224 NC_037357.1: 34446942-34447010 [-] UCSC Ensembl Mir-452-v1 NC_037357.1: 34447982-34448042 [-] UCSC Ensembl Mir-452-v2 NC_037357.1: 34447983-34448039 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAAGGACACGAUACCCAAUGAAUGCGAAAACCUCAGUCAGCCUUGUGGAUGUAUGUUCUGCAGACCUGACAUCUAGAGGACUGACUGAAAUUUUCACUUUCAGCUAAUUCUUCUAUUUUCUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CAAGGACACGAUACCCAA-- UGC CC -| G AUGUUCU UGAA GAAAA UCAGUCAG CCUU UGGAUGU G ACUU CUUUU AGUCAGUC GGAG AUCUACA C UUCUUUUAUCUUCUUAAUCG UCA AA A^ - GUCCAGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is variation in both the Drosha and Dicer cuts but this represents the highest set of reads. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bta-Mir-3431_5p |
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mirBase accession | MIMAT0017394 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCUCAGUCAGCCUUGUGGAUGU -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-3431 |
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Star sequence | Bta-Mir-3431_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- AUCUAGAGGACUGACUGAAAUU -62
Get sequence
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