MirGeneDB ID | Cbr-Mir-7587 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-7587 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUAGAAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis briggsae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cbr-mir-7587 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. briggsae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. briggsae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (CB4) |
X: 20533902-20533963 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7587) |
Mir-7587
X: 20533902-20533963 [+]
Ensembl
Mir-2222-P2a X: 20535807-20535871 [+] Ensembl Mir-2222-P2b X: 20537177-20537241 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUUUUUCGAAAACUUCUGCACUGGCUCGUUCUAGAAUCCCUUCAGGCGUUACUCACCUAGUGUUGUGAGUAACGUUGAGGAAUUUUAGAACAGGCCUAAUUCAACUAGUCAUUCUCUUCUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUUUUUCGAAAACUUCUGCACU--| UC C CA CACCUA GGC GUUCUAGAAU CCUU GGCGUUACU G CCG CAAGAUUUUA GGAG UUGCAAUGA U UUCUUCUCUUACUGAUCAACUUAAU^ GA A -- GUGUUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cbr-Mir-7587_5p |
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mirBase accession | MIMAT0029590 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUAGAAUCCCUUCAGGCGUUACU -24
Get sequence
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Star sequence | Cbr-Mir-7587_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UAACGUUGAGGAAUUUUAGAAC -62
Get sequence
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