MirGeneDB ID | Cel-Lsy-6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | LSY-6 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUUGUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-lsy-6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cbr-Lsy-6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrV: 10647237-10647301 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUCCUACUAAUUUCUGAAAAAUAAGCCAUCAAAUGCGUCUAGUAUCAAAAUCAUGUAAAAACUGUAAAACAGAUUUUGUAUGAGACGCAUUUCGAUGACGGGCACAACAGAGACACCGCCCAUAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UUCCUACUAAUUUCUGAAAAAUAA ---- -| A U AUGUAAAAA GCC AUC AAAUGCGUCU GUA CAAAAUC \ CGG UAG UUUACGCAGA UAU GUUUUAG C AAUACCCGCCACAGAGACAACA-- GCAG C^ G - ACAAAAUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cel-Lsy-6_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0031896 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAAUGCGUCUAGUAUCAAAAUC -22
Get sequence
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Mature sequence | Cel-Lsy-6_3p |
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mirBase accession | MIMAT0000749 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- UUUUGUAUGAGACGCAUUUCGA -65
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000749 TargetScanWorm: cel-lsy-6 |