MirGeneDB ID | Cel-Mir-2210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2210 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGUCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-2210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrIV: 10914618-10914678 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2210) |
Mir-2210
chrIV: 10914618-10914678 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-246 chrIV: 10940152-10940215 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUGUAUAUUGUUUAGUCCAUUCAGUUUGUAGGCAGAUCAAUCAAUUUUUAGGUUUAUAUAAAUAAUCCUAAAGUCGAUUGCUCUACCCACAAAAAGUAAUGUUGACUUGAAGUUAUGUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUGUAUAUUGUUUAGUC- CAG-| A C U AAU UUUAUA CAUU UUUGU GG AGA CAAUC UUUUAGG U GUAA AAACA CC UCU GUUAG GAAAUCC A UAUGUAUUGAAGUUCAGUU UGAA^ C A C CU- UAAUAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cel-Mir-2210_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0011435 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGCAGAUCAAUCAAUUUUUAGG -23
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0011435 TargetScanWorm: cel-miR-2210 |
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Mature sequence | Cel-Mir-2210_3p |
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mirBase accession | MIMAT0011436 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UAAAGUCGAUUGCUCUACCCAC -61
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0011436 |