MirGeneDB ID | Cel-Mir-246 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-246 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UACAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-246 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cbr-Mir-246 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrIV: 10940152-10940215 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-246) |
Mir-2210
chrIV: 10914618-10914678 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-246 chrIV: 10940152-10940215 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACAAUAUUCAGCAUCUGAAUUAUAAAACAUCGCCUAACCGUUGUCAUGUAAUAUUUCCCAGAGAAAAUGAUAUUACAUGUUUCGGGUAGGAGCUGUUCAAACUUUGGACAUUGGCAUCUCUUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACAAUAUUCAGCAUCUGAAUUAUAA--| UCG A UUGU UUUCCCAG AACA CCUA CCG CAUGUAAUA \ UUGU GGAU GGC GUACAUUAU A UAUUCUCUACGGUUACAGGUUUCAAAC^ CGA G UUU- AGUAAAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cel-Mir-246_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0020337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGCCUAACCGUUGUCAUGUAAUA -23
Get sequence
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Mature sequence | Cel-Mir-246_3p |
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mirBase accession | MIMAT0000302 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- UUACAUGUUUCGGGUAGGAGCU -64
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000302 TargetScanWorm: cel-miR-246 |