MirGeneDB ID | Cel-Mir-2218-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2218 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-2218a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cel-Mir-2218-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrI: 13812596-13812655 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2218-P1) |
Mir-2218-P1
chrI: 13812596-13812655 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2218-P2 chrI: 13834876-13834941 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUAGAAAAGCUUAGGUGAGGCUCACACUACAAACUACAAGUUUUAAGCCUCACCAAAAGUUGGGUGAGGCCAGAAUAGUGUAGUUUGUAGUGUGAGAGCCUCAACCAAAAAUGUUUUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCUAGAAAAGCUUAGGUG --| AGU AA CCAAA AGGC UCACACUACAAACUACA UUU GCCUCA A UCCG AGUGUGAUGUUUGAUGU AAG CGGAGU G CUUUUUGUAAAAACCAAC AG^ GAU AC GGGUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cel-Mir-2218-P1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0011455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAAACUACAAGUUUUAAGCCUCA -23
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0011455 TargetScanWorm: cel-miR-2218a |
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Mature sequence | Cel-Mir-2218-P1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0011456 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AGGCCAGAAUAGUGUAGUUUGUA -60
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0011456 |