MirGeneDB ID | Cel-Mir-2218-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2218 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUUUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-2218b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cel-Mir-2218-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrI: 13834876-13834941 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2218-P2) |
Mir-2218-P1
chrI: 13812596-13812655 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2218-P2 chrI: 13834876-13834941 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAAUGAGCCAAAAUCCGCUGGUUGAGGCUCAGACUACAAACUACAUCAUUUUCCAUCUCUUUGGUGAGGCUAGAAAAUUUGUAGUUUGUAGUGAGAGCCUCAACCAACCGCUUUUAAAAGUUAAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AAAUGAGCCAAAAUCCGC--| AG UC CAUCUCUUU UGGUUGAGGCUC ACUACAAACUACA AUUUUC \ ACCAACUCCGAG UGAUGUUUGAUGU UAAAAG G AAAAUUGAAAAUUUUCGCCA^ AG U- AUCGGAGUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cel-Mir-2218-P2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0011457 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGACUACAAACUACAUCAUUUUC -23
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0011457 TargetScanWorm: cel-miR-2218b |
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Mature sequence | Cel-Mir-2218-P2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0011458 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- AAAUUUGUAGUUUGUAGUGAGA -66
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0011458 |