MirGeneDB ID | Cel-Mir-52-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-52 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCCGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cel-Mir-52-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cbr-Mir-52-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrIV: 14034024-14034086 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAUAUUCAUGUUCUUCCAACUCUAACAGUCCACCCGUACAUAUGUUUCCGUGCUUGACAGCGAAGCUCAAUCACGUUACAAUGAAAGGGUAGCCGGUUAUUGAAGUUGGGUCUUUUUUGGGCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CAUAUUCAUGUUCUUCCAACUC--| AGUCC GUA A UUC CUUGACAGC UAAC ACCC CAU UGU CGUG \ AUUG UGGG GUA ACA GCAC G GCGGGUUUUUUCUGGGUUGAAGUU^ GCCGA AAA - UU- UAACUCGAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Although the seed sequence is the same as Mir-10-P2 the remainder of the sequence is distinct enough to warrant the recognition of a distinct family. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cel-Mir-52-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CACCCGUACAUAUGUUUCCGUGCU -24
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000023 TargetScanWorm: cel-miR-52 |
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Star sequence | Cel-Mir-52-P1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0020311 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- CACGUUACAAUGAAAGGGUAGC -63
Get sequence
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