MirGeneDB ID | Cel-Mir-52-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-52 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCCGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cel-Mir-52-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrIV: 11027614-11027676 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-52-P2) |
Mir-277
chrIV: 10994184-10994248 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-10-P2 chrIV: 11026035-11026096 [-] UCSC Ensembl Mir-52-P2 chrIV: 11027614-11027676 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAUUAUAAAUUUCUCCCGAUUCUGACAGUCCACCCGUACAUUUGUUUCCGUGCUUGACUUCAAAGCUCAAUCACGGCACAAUAUAUGGGUCGCCAGUCAUUGUAGUCGGAAUUUUUUUCAGUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UAUUAUAAAUUUCUCCCG--| UC AGUCC CAU UU CUUGACUUC AU UGAC ACCCGUA UUGU CCGUG \ UG ACUG UGGGUAU AACA GGCAC A UUGACUUUUUUUAAGGCUGA^ UU ACCGC AU- C- UAACUCGAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Although the seed sequence is the same as Mir-10-P2 the remainder of the sequence is distinct enough to warrant the recognition of a distinct family. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cel-Mir-52-P2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000024 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CACCCGUACAUUUGUUUCCGUGCU -24
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000024 TargetScanWorm: cel-miR-53 |
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Star sequence | Cel-Mir-52-P2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0020312 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- CACGGCACAAUAUAUGGGUCGC -63
Get sequence
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