| MirGeneDB ID | Cel-Mir-62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-62 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAUAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cbr-Mir-62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrX: 12692608-12692665 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAUUGACCCAUGUACUCCGGCUAUAGUGAGGUGAGUUAGAUCUCAUAUCCUUCCGCAAAAUGGAAAUGAUAUGUAAUCUAGCUUACAGGUUGUUCAACAUCCCAAAGACAGUGCUACUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAUUGACCCAUGUACUCCGGCUAUAGUGAG--| CU CUUCCGCA GUGAGUUAGAU CAUAUC A CAUUCGAUCUA GUAUAG A UCAUCGUGACAGAAACCCUACAACUUGUUGGA^ AU UAAAGGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Mir-62 is a conserved mirtron cut at both ends by the spliceosome. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-62_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGAGUUAGAUCUCAUAUCCUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cel-Mir-62_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000034 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UGAUAUGUAAUCUAGCUUACAG -58
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000034 TargetScanWorm: cel-miR-62 |
