MirGeneDB ID | Cel-Mir-789-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-789 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUUGAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-789-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cel-Mir-789-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cbr-Mir-789 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrIV: 16740708-16740773 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGAAUCAGACGAAUGUCCUGAAGGCAGGCAAUUGAUGACCCAGACAAGGACUAAUCAAGAUUGUCGAUCUAGUCCCUGCCUGGGUCACCAAUUGUCGGCCCCCGCGGGCAAAGAAUAUAUACUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGAAUCAGACGAAUGU- -| AA A A A A AAUCAAGA CC UG GGC GGCAAUUG UGACCCAG CA GGACU U GG GC CCG CUGUUAAC ACUGGGUC GU CCUGA U UUUCAUAUAUAAGAAACG C^ CC G C C C UCUAGCUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cel-Mir-789-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0032016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAUUGAUGACCCAGACAAGGACU -23
Get sequence
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Star sequence | Cel-Mir-789-P1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0004224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- UCCCUGCCUGGGUCACCAAUUGU -66
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004224 TargetScanWorm: cel-miR-789 |