MirGeneDB ID | Cin-Mir-135-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-135 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cin-mir-135 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cin-Mir-135-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ci3) |
HT000116.1: 71231-71286 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-135-P8) |
Mir-135-P7
HT000116.1: 70787-70845 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-135-P8 HT000116.1: 71231-71286 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUUUACCAGUAUUGGGUGUUUAGGCUCUUUAUGGCUUUCUUUUCCUGUGUGACGUCAUAUCUCUCACAGUAAAGUAAGCCAUUAUCAGCUGGACCCACAGUCAGCGGUAAGAUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCUUUACCAGUAUUGGGU---| G CUUU U UC U CGUC GUUUAG CU AUGGCUU CUUU CUGUG GA \ CAGGUC GA UACCGAA GAAA GACAC CU A UCUAGAAUGGCGACUGACACC^ - CUAU U U- U CUAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cin-Mir-135-P8_5p |
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mirBase accession | MIMAT0016409 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUGGCUUUCUUUUCCUGUGUGA -23
Get sequence
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Star sequence | Cin-Mir-135-P8_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0016410 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UCACAGUAAAGUAAGCCAUUAU -56
Get sequence
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