MirGeneDB ID | Cin-Mir-4014-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4014 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UACAGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cin-mir-4014-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cin-Mir-4014-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ci3) |
12: 3135494-3135548 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4014-P1) |
Mir-4014-P1
12: 3135494-3135548 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-4014-P2 12: 3135786-3135842 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAUAGGGCCAAAAUUAUGUAACUGCCUUCAGCACCACGAGCUUUUUGGAAUGUUAACGUUCAUUACAGAAAGCGUGUGUGUGCUAAAGUUAGUGAUCGCAACUUCAAUUCAUAAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAUAGGGCCAAAAUUAUGUA-- C C -| A G UUA ACUG CUU AGCAC CACG GCUUUUUG AAUG A UGAU GAA UCGUG GUGU CGAAAGAC UUAC C UAAUACUUAACUUCAACGCUAG U A U^ G A UUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cin-Mir-4014-P1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0016976 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCACCACGAGCUUUUUGGAAUG -22
Get sequence
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Mature sequence | Cin-Mir-4014-P1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0016519 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
32- UUACAGAAAGCGUGUGUGUGCUA -55
Get sequence
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