MirGeneDB ID | Cin-Mir-4061 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4061 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACACUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cin-mir-4061 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ci3) |
HT001175.1: 12325-12379 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4061) |
Mir-4052
HT001175.1: 12120-12173 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-4037 HT001175.1: 12218-12275 [-] UCSC Ensembl Mir-4061 HT001175.1: 12325-12379 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAUGAUUCUCAUUAUUCGCCGAUACAACAAGGCGGUCCCUCAGAUGGUUUCGAUUCUGAAACACUCUGGCGUUCCGUCAUUGGUUGUGCACGGCGCCUGCAUCUCGUGCUGUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCAUGAUUCUCAUUAUU-- A- AA--| UCCC UG A CGCCG UACAAC GGCGG UCAGA GUUUCG U GCGGC GUGUUG CUGCC GGUCU CAAAGU U UAUGUCGUGCUCUACGUCC AC GUUA^ UUGC CA C 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cin-Mir-4061_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0016610 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGCGGUCCCUCAGAUGGUUUCG -23
Get sequence
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Mature sequence | Cin-Mir-4061_3p |
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mirBase accession | MIMAT0016611 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
30- AACACUCUGGCGUUCCGUCAUUGGU -55
Get sequence
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