MirGeneDB ID | Cin-Mir-4062-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4062 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGCUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cin-mir-4068 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cin-Mir-4062-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ci3) |
5: 996178-996244 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4062-P1) |
Mir-4062-P1
5: 996178-996244 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-4062-P2 5: 996382-996447 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAUAGAAUCCUUCUGCUCGUUUUACGCGAAAAGUCUUUGCCCAACAGCAACAUGUAUCUCACCAUUGCUUCAUGUAUGCUGAUGAACAAAGGCUUGCCGCUACCGGGCGCUAUCACCAGUCUAACUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UAUAGAAUCCUUCUGCU- UAC- AA CC A -| UGUAUCUCA CGUUU GCG AAGUCUUUG CA CAGCA ACA C GCGGG CGC UUCGGAAAC GU GUCGU UGU C CUCAAUCUGACCACUAUC CCAU CG AA A A^ ACUUCGUUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cin-Mir-4062-P1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0016624 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAGUCUUUGCCCAACAGCAACA -22
Get sequence
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Mature sequence | Cin-Mir-4062-P1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0016625 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- UAUGCUGAUGAACAAAGGCUUGC -67
Get sequence
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