MirGeneDB ID | Cin-Mir-4062-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4062 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cin-mir-4062 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cin-Mir-4062-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ci3) |
5: 996382-996447 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4062-P2) |
Mir-4062-P1
5: 996178-996244 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-4062-P2 5: 996382-996447 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCCUGCUUUAUAUAUGGCGUGCGCGGAUCCGCCUGCAUCUUUACAGCUUCAAGUGCUGCGUUGUAUUGACUGAAUGCUGUAAAAUAAAGGCAAGAUCAUCGUACGCACACUCCACGAAAUAGUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCCUGCUUUAUAUAUG-- CG C-| GCAUC - AGUGCUGCG GCGUGCG GAUC GCCU UUUACAGC UUCA \ CGCAUGC CUAG CGGA AAAUGUCG AAGU U CUUGAUAAAGCACCUCACA UA AA^ AAUA- U CAGUUAUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cin-Mir-4062-P2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0016612 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGCCUGCAUCUUUACAGCUUCA -22
Get sequence
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Mature sequence | Cin-Mir-4062-P2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0016613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- AAUGCUGUAAAAUAAAGGCAAGA -66
Get sequence
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