MirGeneDB ID | Cin-Mir-4073 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4073 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGGAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cin-mir-4073 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ci3) |
HT000823.1: 87062-87115 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4073) |
Mir-4073
HT000823.1: 87062-87115 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-4046 HT000823.1: 87428-87487 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUAACCCCAUAUACCCGCACACCCCCACCACGACAAGUAGGGUCCUUUUGCGUCACCAUCGCAGGAUGUUCGACUUGUUGUGUUGGUGGUGUUGCAUAGACAUCAUAUAUCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCUAACCCCAUAUACCC- -| C C A GG CC UCA GC ACACC CCA CACGACAAGU G U UUUUGCG \ CG UGUGG GGU GUGUUGUUCA C G AGGACGC C UACUAUAUACUACAGAUA U^ U U G UU U- UAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cin-Mir-4073_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0016634 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACGACAAGUAGGGUCCUUUUGCG -23
Get sequence
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Mature sequence | Cin-Mir-4073_3p |
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mirBase accession | MIMAT0016635 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
32- CAGGAUGUUCGACUUGUUGUGU -54
Get sequence
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