MirGeneDB ID | Cpi-Mir-727-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-727 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGAGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpi-mir-727 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpi-Mir-727-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-727-v2 Spt-Mir-727 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (chrPic1) |
JH584458: 2755678-2755737 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-727-v2) |
Mir-727-v1
JH584458: 2755676-2755739 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-727-v2 JH584458: 2755678-2755737 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGAAAUUUGAUUGCCCUGUAUGUCAUUUUCAGUCUUCAAUUCCUCCCAGCCCAUUAAAUGGAAACUGAGUUGAGGCGAGUUGAAGACUAAAAAUGCUGUGCAGAAUCAAGGUAAUGUUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGAAAUUUGAUUGCCCU--| U C CU - C AUUAAA GUAUG CAUUUU AGUCUUCAAUUC CC CAGC C U CGUGU GUAAAA UCAGAAGUUGAG GG GUUG G G CUUUGUAAUGGAACUAAGA^ C A C- A A UCAAAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cpi-Mir-727-v2_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUCUUCAAUUCCUCCCAGCCC -22
Get sequence
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Mature sequence | Cpi-Mir-727-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0037998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- GUUGAGGCGAGUUGAAGACUAA -60
Get sequence
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