MirGeneDB ID | Cpo-Mir-12082 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12082 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCCAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-12082 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. porcellus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. porcellus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_7: 45795923-45795982 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12082) |
Mir-12082
scaffold_7: 45795923-45795982 [+]
UCSC
Mir-138-P1 scaffold_7: 45796470-45796530 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAUCCCUGCCCAUGAUCCUAGGGGAUGGGGAAGCCAACCACAGACACCACAGAAAAGAUAAAUCUCUCUGAUGGUGUCUUAGUUGCUUUCCUGUUCCUGGGACGUGAUACCCUGACACCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GAUCCCUGCCCAUGAUC--| A C CAC - AAAGAU CU GGGGAUGGGGAAGC AAC AGACACCA CAGA \ GG UCCUUGUCCUUUCG UUG UCUGUGGU GUCU A CCCACAGUCCCAUAGUGCA^ G - AU- A CUCUAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-12082_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047467 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAGCCAACCACAGACACCACAGA -23
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-12082_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0047468 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGAUGGUGUCUUAGUUGCUUUC -60
Get sequence
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