| MirGeneDB ID | Cte-Mir-2686-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2686 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGAUGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-2686b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cte-Mir-2686-P1 Cte-Mir-2686-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Efe-Mir-2686-o3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. teleta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Sedentaria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_174: 220806-220865 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2686-P3) |
Mir-2686-P1
CAPTEscaffold_174: 220483-220549 [+]
Ensembl
Mir-2686-P2 CAPTEscaffold_174: 220637-220693 [+] Ensembl Mir-2686-P3 CAPTEscaffold_174: 220806-220865 [+] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAUCAUACAUUCAAAAUGGCGGAUUUUAGUGCCUUUAUAUGGAACCAUCUAUCCUUAUAUCGAUUGGAAGAUGUUCUUUAUGUAGGCUCCUGUUCUUCCGCCCAAUUCCAACGUUGAUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UAUCAUACAUUCAAAAU- UUU- U-| U U C A UUAUA GGCGGA UAG GCCU UAUA GGAAC AUCU UCC \ CCGCCU GUC CGGA GUAU UCUUG UAGA AGG U UAUAGUUGCAACCUUAAC UCUU CU^ U U - - UUAGC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cte-Mir-2686-P3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCCUUUAUAUGGAACCAUCUAUCC -24
Get sequence
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| Mature sequence | Cte-Mir-2686-P3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0013537 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AAGAUGUUCUUUAUGUAGGCUCC -60
Get sequence
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