MirGeneDB ID | Dme-Mir-1001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1001 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGGUAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dme-mir-1001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dsi-Mir-1001 Dya-Mir-1001 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | D. melanogaster subgroup | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | D. melanogaster subgroup | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
3R: 27642480-27642540 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCCCGCGAUGAUGUAAGCUGGCCUGUCCCUGGGUAAACUCCCAAGGAUCAGGUGGAGAUUGAAUCCCGAUCCUUGGGUUUCUGCUCUCGGGCAAGGUCAGUAGUGCCCGCGAAGGGCCCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGCCCGCGAUGAUGUAA-- -| CU AACU AGGUGGAG GCUGGCC UGUCC GGGUA CCCAAGGAUC A UGACUGG ACGGG CUCGU GGGUUCCUAG U ACCCGGGAAGCGCCCGUGA A^ CU CUUU CCCUAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut +2 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dme-Mir-1001_5p |
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mirBase accession | MIMAT0005521 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGGUAAACUCCCAAGGAUCA -21
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005521 TargetScanFly: dme-miR-1001 |
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Star sequence | Dme-Mir-1001_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0020901 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- AUCCUUGGGUUUCUGCUCUCGG -61
Get sequence
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