| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-7383-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-7383 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-7383-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-7383-P1a Mdo-Mir-7383-P1c Mdo-Mir-7383-P2 Mdo-Mir-7383-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. domestica | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
X: 22176059-22176117 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7383-P1b) |
Mir-7383-P1c
X: 22138231-22138289 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-7383-P1b X: 22176059-22176117 [+] UCSC Ensembl Mir-7383-P1a X: 22218615-22218673 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCUCUCUCCUCCUCAUGAUUGGCGUAUUCCAAGGUACCUGAGGUCCUCUUAUUUUAUAUUGACUGUAAGAGGCUCCAGCUCCCUUUGUUUACCCCAAUAGAAAACUCCACUACCACUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGCUCUCUCCUCCUCAUG--| C UUCC UAC AG U UUUUAU AUUGG GUA AAGG CUG G CCUCUUA A UAACC CAU UUCC GAC C GGAGAAU U GUCACCAUCACCUCAAAAGA^ C UUGU CUC CU - GUCAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +1 relative to what is annoated here and which corresponds to the Dicer cut in Sarcophilus harrisii. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mdo-Mir-7383-P1b_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0028822 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAGGUACCUGAGGUCCUCUUA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7383-5p |
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| Star sequence | Mdo-Mir-7383-P1b_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0028823 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AGAGGCUCCAGCUCCCUUUGU -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7383-3p |
