MirGeneDB ID | Mdo-Mir-7398-P5c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-7398 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUGUGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mdo-mir-7398k-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mdo-Mir-7398-P1 Mdo-Mir-7398-P2 Mdo-Mir-7398-P3 Mdo-Mir-7398-P4 Mdo-Mir-7398-P5a Mdo-Mir-7398-P5b Mdo-Mir-7398-P5d Mdo-Mir-7398-P9a-v1 Mdo-Mir-7398-P9a-v2 Mdo-Mir-7398-P9b Mdo-Mir-7398-P11 Mdo-Mir-7398-P12 Mdo-Mir-7398-P13 Mdo-Mir-7398-P14a Mdo-Mir-7398-P14b Mdo-Mir-7398-P15 Mdo-Mir-7398-P16 Mdo-Mir-7398-P17 Mdo-Mir-7398-P18 Mdo-Mir-7398-P19 Mdo-Mir-7398-P20 Mdo-Mir-7398-P21 Mdo-Mir-7398-P22 Mdo-Mir-7398-P23a Mdo-Mir-7398-P23b Mdo-Mir-7398-P24a Mdo-Mir-7398-P24b Mdo-Mir-7398-P25 Mdo-Mir-7398-P26 Mdo-Mir-7398-P28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Neu-Mir-7398-P5 Sha-Mir-7398-o5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | M. domestica | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (monDom5_add) |
X: 57285473-57285533 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7398-P5c) |
Mir-7398-P1
X: 57276306-57276364 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-7398-P2 X: 57279275-57279333 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P3 X: 57282764-57282822 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P4 X: 57283471-57283530 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P5a X: 57284128-57284188 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P5b X: 57284809-57284869 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P5c X: 57285473-57285533 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P5d X: 57286131-57286191 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P9a-v2 X: 57286820-57286880 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P9a-v1 X: 57286821-57286879 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P9b X: 57287463-57287521 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P11 X: 57288057-57288117 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P12 X: 57288723-57288783 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P13 X: 57289402-57289462 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P14b X: 57291703-57291761 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P15 X: 57292644-57292702 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P14a X: 57293442-57293500 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P16 X: 57293921-57293979 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P17 X: 57294562-57294624 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P18 X: 57296466-57296526 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P19 X: 57297040-57297098 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P20 X: 57297721-57297779 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P21 X: 57298336-57298390 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P22 X: 57301459-57301516 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P23a X: 57306266-57306324 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P24a X: 57307981-57308039 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P25 X: 57311982-57312040 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P26 X: 57314588-57314647 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P24b X: 57315817-57315874 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P28 X: 57318976-57319034 [+] UCSC Ensembl Mir-7398-P23b X: 57321995-57322057 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUCCUGUUCUUUGACCUCCAGGUGCCCGACUGUGUGGAGGUAAGGAACUACGUCGUGUUCUAUCUCUCGGUAAAUCCUUGCCUCUCACUGUUGAGCAUUUAGGACUCUGCGACGGUCCCCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUCCUGUUCUUUGACCU- -| C U U AC GUCGUGUU CC AGGUGC CGAC GUG GGAGGUAAGGA UAC C GG UUUACG GUUG CAC UCUCCGUUCCU AUG U UCCCCUGGCAGCGUCUCA A^ A U - AA GCUCUCUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mdo-Mir-7398-P5c_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0028906 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUGUGGAGGUAAGGAACUACGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7398k-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mdo-Mir-7398-P5c_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0031052 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- GUAAAUCCUUGCCUCUCACUGU -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-7398k-2-3p |