| MirGeneDB ID | Mmr-Novel-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MMR-NOVEL-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGUCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray mouse lemur (Microcebus murinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. murinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | M. murinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165445.3_Mmur_3.0_genomic) |
CM007663.1: 12738931-12738989 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-1) |
Mir-154-P2-v2
CM007663.1: 12719569-12719626 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P2-v1 CM007663.1: 12719570-12719625 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P37 CM007663.1: 12721366-12721423 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 CM007663.1: 12739835-12739897 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P22 CM007663.1: 12745610-12745663 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P30 CM007663.1: 12759249-12759302 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P33 CM007663.1: 12759838-12759893 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUUUGGGAAGAGGCCGAGGGUUGCUCCUCAAGGCUCCUCUGUGGUGCUUGGGCGGACGUUAUUCAGCUCAGUCCCUGAGAUGAGUCUGUAGAGCUAUUUCUAUCUGUCGUUCGAGACCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CUUUGGGAAGAGGCCGA-- UU-| CU A C GU UG U GGACG GGG GCUC CA GGCUC UCU GG CU GGGC U CUU CGAG GU CUGAG AGA CC GA CUCG U CCCAGAGCUUGCUGUCUAU UAU^ AU - U GU CU - ACUUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mmr-Novel-1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGCUCCUCUGUGGUGCUUGGGC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mmr-Novel-1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCAGUCCCUGAGAUGAGUCUGU -59
Get sequence
|
