MirGeneDB ID | Nve-Mir-2042 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2042 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAUAAAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Starlet sea anemone (Nematostella vectensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | nve-mir-2042 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | N. vectensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | N. vectensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000209225.1_ASM20922v1_NVE) |
NW_001834183.1: 5544-5593 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2042) |
Mir-2051
NW_001834183.1: 5198-5253 [-]
Ensembl
Mir-2042 NW_001834183.1: 5544-5593 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGGAGAGGUAUUUACAAUGACGACACACCCUUAUAAAUCAUCCUUGCACUACUUAUGUCGUACAUUGAUGAUUUAUGAAGGUGUGUUGCUGACUCUGCUAAAACGACAACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGGAGAGGUAUUUACAAUGA--| C CU C U U CGACACACC UUAUAAAUCAUC UG AC AC U GUUGUGUGG AGUAUUUAGUAG AC UG UG A CAACAGCAAAAUCGUCUCAGUC^ A UU A C U . 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Nve-Mir-2042_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009806 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUAUAAAUCAUCCUUGCACUAC -22
Get sequence
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Star sequence | Nve-Mir-2042_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0009807 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
28- CGUACAUUGAUGAUUUAUGAAG -50
Get sequence
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