MirGeneDB ID | Nve-Mir-2051 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2051 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCGGAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Starlet sea anemone (Nematostella vectensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | nve-mir-2051 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | N. vectensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | N. vectensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000209225.1_ASM20922v1_NVE) |
NW_001834183.1: 5198-5253 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2051) |
Mir-2051
NW_001834183.1: 5198-5253 [-]
Ensembl
Mir-2042 NW_001834183.1: 5544-5593 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AACACACGACAUGUACGGGCCCGCCUAUGAAAAUAGAAAAGCUUCCGGUUUUUUGACAUCGCAAUACCGGAGUCUUUUCUGUGUCCAUAUUCGUGACCAGAAUCAAUUUAGAGAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AACACACGACAUGUACG- CC C--| AAA C UUUUUGA GG CGC UAUG AUAGAAAAG UUCCGGU C CC GUG AUAC UGUCUUUUC GAGGCCA A UUAGAGAUUUAACUAAGA A- CUU^ CUG U UAACGCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Nve-Mir-2051_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0009828 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAAUAGAAAAGCUUCCGGUUUU -22
Get sequence
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Mature sequence | Nve-Mir-2051_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009829 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UACCGGAGUCUUUUCUGUGUCC -56
Get sequence
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