| MirGeneDB ID | Xbo-Mir-92-o90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Xenoturbella (Xenoturbella bocki) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xbo-Mir-92-o86 Xbo-Mir-92-o87 Xbo-Mir-92-o88 Xbo-Mir-92-o89 Xbo-Mir-92-o91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-92 Cel-Mir-92 Esc-Mir-92 Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Isc-Mir-92 Obi-Mir-92 Sme-Mir-92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. bocki | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (genome.xe) |
scaffold1212: 25425-25485 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-o90) |
Mir-92-o88
scaffold1212: 24644-24704 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-92-o89 scaffold1212: 25094-25154 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUUACUGCUUGCUUAUUGGAUUUCACCGAAACAGUCGAGUCAGUGGAAUGUUGUAUGAUAAAGGCAAUAUUGCACUUGUCCCGGCCUGGUUCGGUGGAGUCUGCUUGCUACUGCUAACCAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CUUACUGCUUGCUUAUU-- A - AGU -| G UGUAUGA GGAUUUCACCGAA CA GUCG C AGUG AAUGU \ UCUGAGGUGGCUU GU CGGC G UCAC UUAUA U AACCAAUCGUCAUCGUUCG G C CCU U^ G ACGGAAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xbo-Mir-92-o90_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACAGUCGAGUCAGUGGAAUGU -21
Get sequence
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| Mature sequence | Xbo-Mir-92-o90_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAUUGCACUUGUCCCGGCCUGGUU -61
Get sequence
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