| MirGeneDB ID | Xbo-Mir-92-o89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Xenoturbella (Xenoturbella bocki) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xbo-mir-92b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xbo-Mir-92-o86 Xbo-Mir-92-o87 Xbo-Mir-92-o88 Xbo-Mir-92-o90 Xbo-Mir-92-o91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-92 Cel-Mir-92 Esc-Mir-92 Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Isc-Mir-92 Obi-Mir-92 Sme-Mir-92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. bocki | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (genome.xe) |
scaffold1212: 25094-25154 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-o89) |
Mir-92-o88
scaffold1212: 24644-24704 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-92-o89 scaffold1212: 25094-25154 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUGUCAACUAAACCAGUGUGCGCCUCCUGUCAGUCGAGACUUGUGCAUUGGUCGAGAAUAAGUGCUACUACUGCACUCGUCCCGGCCUAGCAGGUGACGUCACCCACCUCCACACGACCACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUGUCAACUAAACCAGU- - CCU CA-| A UU U CGAGAA GUG CG CCUGU GUCG GAC GUGCA UGGU U CAC GC GGACG CGGC CUG CACGU AUCA A CACCAGCACACCUCCACC U AGU AUC^ C CU C UCGUGA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xbo-Mir-92-o89_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUCGAGACUUGUGCAUUGGU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xbo-Mir-92-o89_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0020125 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UACUGCACUCGUCCCGGCCUAGC -61
Get sequence
|
