MirGeneDB ID | Asu-Mir-791 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-791 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGGUCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Large roundworm (Ascaris suum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | asu-mir-791 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cbr-Mir-791 Cel-Mir-791 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Chromadorea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Chromadorea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ASU_PRJNA80881_plustraces) |
Scaffold287: 265477-265534 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-791) |
Mir-791
Scaffold287: 265477-265534 [-]
Mir-2-o8 Scaffold287: 267253-267310 [-] Mir-2-P11 Scaffold287: 267429-267487 [-] Mir-279-o24 Scaffold287: 267836-267891 [-] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGUCAUCUACGGGAAUGCUUGUUGGGGUGCUGGUCUGCUCCGUGUCCAAAGUUAUGUAUAGUCACUUUGGCACUCUCCAGGCCUGCACACUACAGCCUUUAACAAUUUCUCCCUGUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUGUCAUCUACGGGAAU----| U U G U CUCC U UAUGU GCU GU GG GUGC GGUCUG GUG CCAAAGU \ CGA CA UC CACG CCGGAC CAC GGUUUCA A CUGUCCCUCUUUAACAAUUUC^ - - A U CUCU - CUGAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Asu-Mir-791_5p |
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mirBase accession | MIMAT0021529 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUGGUCUGCUCCGUGUCCAAAGU -23
Get sequence
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Co-mature sequence | Asu-Mir-791_3p |
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mirBase accession | MIMAT0021530 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UUUGGCACUCUCCAGGCCUGCA -58
Get sequence
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