| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-4868-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4868 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGCUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bfl-mir-4868b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bfl-Mir-4868-P1 Bfl-Mir-4868-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049981.1: 9942475-9942534 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4868-P2) |
Mir-22-P2b
NC_049981.1: 9942475-9942534 [-]
UCSC
Mir-4868-P2 NC_049981.1: 9942475-9942534 [-] UCSC Mir-22-P2a NC_049981.1: 9953158-9953217 [-] UCSC Mir-4868-P1 NC_049981.1: 9953158-9953217 [-] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUUUCACCUAUGGUAAGCGUGUCGGCUUCCCUCAUCACACCGGAAGCUGUUACGUCACUUCCGCUGUAUCAGCUCCAGCUGUGAUGAGUGAAGGGGCAUGCACAGAACAACAGUACAACGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GUUUCACCUAUGGUAAG---| GG C CC- A U CGUCAC CGUGUC CUUC CUCAUCACA GGA GCUG UA U GUACGG GAAG GAGUAGUGU CCU CGAC AU U GCAACAUGACAACAAGACAC^ G- U CGA - U GUCGCC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bfl-Mir-4868-P2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCAUCACACCGGAAGCUGUUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Bfl-Mir-4868-P2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0020105 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCAGCUCCAGCUGUGAUGAGUG -60
Get sequence
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