MirGeneDB ID | Cel-Mir-248-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-248 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UACACGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-248 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cel-Mir-248-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cbr-Mir-248-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrX: 2262388-2262448 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-248-v1) |
Mir-248-v1
chrX: 2262388-2262448 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-248-v2 chrX: 2262388-2262448 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUUACUACUUUCCCGGCUGCAACUACGGUAAGCGGUAUCCAGCCGAUGUUUUCAAUACUGCAUUUGAAUACACGUGCACGGAUAACGCUCAUUGUUUUUCGCAUGCCAAUUUCACAAAUGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUUACUACUUUCCCGGC- - CU A G A- -| A U AAUAC UGC AA ACGGU AGCG UAUCC GC CG UGU UUC U ACG UU UGUUA UCGC AUAGG CG GC ACA AAG G GGUAAACACUUUAACCGU C UU C A CA U^ - U UUUAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cel-Mir-248-v1_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCGGUAUCCAGCCGAUGUUUUC -23
Get sequence
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Mature sequence | Cel-Mir-248-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0000304 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AUACACGUGCACGGAUAACGCUCA -61
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000304 TargetScanWorm: cel-miR-248 |