MirGeneDB ID | Cel-Mir-254 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-254 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAAAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-254 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cbr-Mir-254 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrX: 11333550-11333612 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-254) |
Mir-787
chrX: 11294724-11294783 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-254 chrX: 11333550-11333612 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGCUGAGCACGGACUAUGCAUAUUGCCGCCUACAGAAGCAUAGAUUUCCACAAACCAUUCGAGGUGUUUGUGCAAAUCUUUCGCGACUGUAGGCGGCGAACAUGCAGUUUUUUCGCACUUGGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCUGAGCACGGACUAU- A- AA AU-| C AACCAUU GCAU UUGCCGCCUACAG GC AGAUUU CACA C CGUA AGCGGCGGAUGUC CG UCUAAA GUGU G UGGUUCACGCUUUUUUGA CA AG CUU^ C UUGUGGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cel-Mir-254_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0031891 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACAGAAGCAUAGAUUUCCACA -22
Get sequence
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Mature sequence | Cel-Mir-254_3p |
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mirBase accession | MIMAT0000310 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UGCAAAUCUUUCGCGACUGUAGG -63
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000310 TargetScanWorm: cel-miR-254 |