MirGeneDB ID | Cel-Mir-357 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-357 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUGCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-357 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cbr-Mir-357-P1 Cbr-Mir-357-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrV: 8580565-8580627 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-357) |
Mir-357
chrV: 8580565-8580627 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-358-v1 chrV: 8580880-8580948 [-] UCSC Ensembl Mir-358-v2 chrV: 8580880-8580948 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAUUUAACGCUGUACUACUCACCAGCGGAUCCCUACAACGCUGCGCAUAUGCAUGAACACAAUGAAAAUGUAAAUGCCAGUCGUUGCAGGAGUUCGCAUACAGUAGUAAAAUGCGCCCAAACGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UAUUUAACGCUGUACUACUCACCA-- UC A -| C A AUGAACAC GCGGA CCU CAACG CUG GCAU UGC \ CGCUU GGA GUUGC GAC CGUA AUG A GCAAACCCGCGUAAAAUGAUGACAUA GA C U^ - A UAAAAGUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cel-Mir-357_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0020343 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCCUACAACGCUGCGCAUAUGC -22
Get sequence
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Mature sequence | Cel-Mir-357_3p |
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mirBase accession | MIMAT0000699 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- AAAUGCCAGUCGUUGCAGGAGU -63
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000699 TargetScanWorm: cel-miR-357 |