MirGeneDB ID | Cel-Mir-392-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-392 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCAUCGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-392 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cel-Mir-392-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cbr-Mir-392 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrX: 13597261-13597319 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-392-v1) |
Mir-392-v1
chrX: 13597261-13597319 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-392-v2 chrX: 13597261-13597319 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUUUGAAAAUCUCGCAGACGUGUUCAGUCAGCAUUCGUGGUUGAGGAUAUCGAACACAAAAAAAGAUAUCAUCGAUCACGUGUGAUGACAGAUUUUCUGCGACUAACAGGUUUGCUUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUUUGAAAAUCUCGCAGACGUGUUCA--| G U G CGAACAC GUCA CAU CGUGGUUGA GAUAU \ CAGU GUG GCACUAGCU CUAUA A AUUCGUUUGGACAAUCAGCGUCUUUUAGA^ A U A GAAAAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cel-Mir-392-v1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0020344 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCAUUCGUGGUUGAGGAUAU -21
Get sequence
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Mature sequence | Cel-Mir-392-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0000768 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AUCAUCGAUCACGUGUGAUGA -59
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000768 TargetScanWorm: cel-miR-392 |