MirGeneDB ID | Cel-Mir-785 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-785 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGUGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-785 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cbr-Mir-785-P1 Cbr-Mir-785-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrX: 3004687-3004747 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-785) |
Mir-34
chrX: 2969775-2969833 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-785 chrX: 3004687-3004747 [+] UCSC Ensembl Mir-249 chrX: 3006454-3006518 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAGCUGCCAAAGCUCUUUUUCUCACCCAUCAGCACAGAAUUUUUCGCUAACAGAAACCUCAAAACAAUGUAAGUGAAUUGUUUUGUGUAGAUGGUGGAAAUGAGCAGGCAAUGUUUUCUGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAGCUGCCAAAGCUCUU----| U C A UU A GAAACCU UUUC CACC AUC GCACAGAAU UUCGCU ACA \ AAAG GUGG UAG UGUGUUUUG AAGUGA UGU C AGUCUUUUGUAACGGACGAGU^ - - A UU A AACAAAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cel-Mir-785_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0032015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCACAGAAUUUUUCGCUAACA -22
Get sequence
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Mature sequence | Cel-Mir-785_3p |
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mirBase accession | MIMAT0004220 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UAAGUGAAUUGUUUUGUGUAGA -61
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004220 TargetScanWorm: cel-miR-785 |