MirGeneDB ID | Cel-Mir-788-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-788 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAAAUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cel-Mir-788-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cbr-Mir-788-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrX: 8485301-8485362 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-788-v1) |
Mir-788-v1
chrX: 8485301-8485362 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-788-v2 chrX: 8485302-8485361 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUACAAAUUUUCAGCUGGAAGCUCACUUUUCCGCUUCUAACUUCCAUUUGCAGAGUUCAAGUAAUCUGGAAAUGGAUUAGAAUCGUGGAAAAGUUAGUGAAUAGCAGUUUUCAAAAUUGUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUACAAAUUUUCAGCUGGAA-- C --| CU G AGUUC GCU ACUUUUCCGC UUCUAA UCCAUUU CAG A UGA UGAAAAGGUG AAGAUU AGGUAAA GUC A GUGUUAAAACUUUUGACGAUAAG U CU^ -- G UAAUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cel-Mir-788-v1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0004223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCCGCUUCUAACUUCCAUUUGCAG -24
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004223 TargetScanWorm: cel-miR-788 |
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Mature sequence | Cel-Mir-788-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0015240 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- GGAAAUGGAUUAGAAUCGUGGAAA -62
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0015240 |