MirGeneDB ID | Cel-Mir-788-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-788 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cel-Mir-788-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cbr-Mir-788-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrX: 8485302-8485361 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-788-v2) |
Mir-788-v1
chrX: 8485301-8485362 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-788-v2 chrX: 8485302-8485361 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUACAAAUUUUCAGCUGGAAGCUCACUUUUCCGCUUCUAACUUCCAUUUGCAGAGUUCAAGUAAUCUGGAAAUGGAUUAGAAUCGUGGAAAAGUUAGUGAAUAGCAGUUUUCAAAAUUGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUACAAAUUUUCAGCUGGAA-- C --| CU G GUUC GCU ACUUUUCCGC UUCUAA UCCAUUU CAGA A UGA UGAAAAGGUG AAGAUU AGGUAAA GUCU A UGUUAAAACUUUUGACGAUAAG U CU^ -- G AAUG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cel-Mir-788-v2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0004223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCGCUUCUAACUUCCAUUUGCAGA -24
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004223 TargetScanWorm: cel-miR-788 |
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Mature sequence | Cel-Mir-788-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0015240 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UGGAAAUGGAUUAGAAUCGUGGAA -60
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0015240 |