MirGeneDB ID | Cel-Mir-794 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-794 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-794 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrI: 12595704-12595762 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-794) |
Let-7-P9
chrI: 12594583-12594643 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-794 chrI: 12595704-12595762 [+] UCSC Ensembl Mir-1823-v1 chrI: 12608635-12608692 [+] UCSC Ensembl Mir-1823-v2 chrI: 12608635-12608692 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUCUGCAAAAAAAAACUGAGCGUGUCUCUUGAGGUAAUCAUCGUUGUCACUUCGCAAAGUUGGAAUUGAAAACGUUGUCUAUCUCGAAAGGCUUAUCAGUUUCUCACUCACAAGGAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUUCUGCAAAAAAAAAC---| GCGU C AU U G CUUCGCAA UGA GUCU UUGAGGUA CA CGUU UCA \ ACU CGGA AGCUCUAU GU GCAA AGU A AAAGGAACACUCACUCUUUG^ AUU- A CU U A UAAGGUUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cel-Mir-794_5p |
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mirBase accession | MIMAT0004229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUAAUCAUCGUUGUCACU -22
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004229 TargetScanWorm: cel-miR-794 |
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Star sequence | Cel-Mir-794_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0020352 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UGAAAACGUUGUCUAUCUCGAA -59
Get sequence
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