MirGeneDB ID | Cin-Mir-4085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4085 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CGCACGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cin-mir-4085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ci3) |
5: 663501-663559 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4085) |
Mir-4086
5: 662410-662467 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-4070 5: 662540-662600 [+] UCSC Ensembl Mir-4085 5: 663501-663559 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAUCAAACAGAUUUCCAUGGUGACCUGGGAUCGCACGUUGUGCAGGCAAGCAGGAAUAGAACAACCUGCUGUGUUGUCCAAUUGUGAAACCAUGUGACCACUUGCCAACCAAUCAGAUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAUCAAACAGAUUUCCA--| G C GA C UG G - AAUA UGGU AC UGG UCGCA GUUG CAG CA AGCAGG G ACCA UG ACC AGUGU UAAC GUU GU UCGUCC A GUAGACUAACCAACCGUUC^ G U AA - CU - G AACA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cin-Mir-4085_5p |
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mirBase accession | MIMAT0016659 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCGCACGUUGUGCAGGCAAGCAGG -24
Get sequence
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Star sequence | Cin-Mir-4085_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0016660 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UGCUGUGUUGUCCAAUUGUGAAA -59
Get sequence
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