MirGeneDB ID | Cin-Mir-4086 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4086 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUUUUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cin-mir-4086 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ci3) |
5: 662410-662467 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4086) |
Mir-4086
5: 662410-662467 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-4070 5: 662540-662600 [+] UCSC Ensembl Mir-4085 5: 663501-663559 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAGUUUAGUGCUUCACAACGUGUAAGUCGCGGGAGUUUCCCAUCAAAAUACUUUUUAUAAUUUUAGCAUUUUGAUGGCUACCUCCCAAGGUUUAGGCACGUACUAACUUCCGGGUUCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAGUUUAGUGCUUCACAA --| GU GC UUUC A UUUUA CGUGU AA C GGGAG CCAUCAAAAU CU U GCACG UU G CCCUC GGUAGUUUUA GA A ACUUGGGCCUUCAAUCAU GA^ UG AA CAUC C UUUUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cin-Mir-4086_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGAGUUUCCCAUCAAAAUACU -22
Get sequence
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Mature sequence | Cin-Mir-4086_3p |
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mirBase accession | MIMAT0016661 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CAUUUUGAUGGCUACCUCCCAA -58
Get sequence
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