| MirGeneDB ID | Cli-Mir-2954 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2954 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCCCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cli-mir-2954 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gga-Mir-2954 Tgu-Mir-2954 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neognathae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Neognathae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (colLiv2) |
scaffold476: 14816-14876 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2954) |
Mir-2954
scaffold476: 14816-14876 [+]
Mir-2131 scaffold476: 26740-26804 [-] |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCGGCACUGAGAUGUCUGGGCUUGGAGCAGUGCUGAGAGGGCUUGGGGAGAGGAUUGUAGUGGAGCUCCAUCCCCAUUCCACUCCUAGCAGCUCUCUGGCCACCCACCCACGUGUGUGCCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCGGCACUGAGAUGUCUG-- U-| AG A - CU GA UUGUA GGCU GGAGC UGCUG GAG GG UGGGGA GGA G CCGG UCUCG ACGAU CUC CC ACCCCU CCU U GCCGUGUGUGCACCCACCCA UC^ -- C A UU A- CGAGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cli-Mir-2954_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038711 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCUGAGAGGGCUUGGGGAGAGGA -24
Get sequence
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| Mature sequence | Cli-Mir-2954_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038712 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAUCCCCAUUCCACUCCUAGCAG -61
Get sequence
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