MirGeneDB ID | Cpo-Mir-3059 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-3059 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUCCUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-3059 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-3059 Cfa-Mir-3059 Cja-Mir-3059 Dno-Mir-3059 Eca-Mir-3059 Ete-Mir-3059 Hsa-Mir-3059 Laf-Mir-3059 Mml-Mir-3059 Mmr-Mir-3059 Mmu-Mir-3059 Ocu-Mir-3059 Pab-Mir-3059 Rno-Mir-3059 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_9: 13779749-13779806 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUAUACAGGUGUAACACAGGUGGUACGCCCUUUCCUCUCUGCCCCAUAGGGUGUAGCUCUAACUGCCCUCUAGGGAAGAGAAGGUUGGGUGAGCAGCCUCCAGCUCAAUGGCUACCAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUAUACAGGUGUAACAC--| G A UUU - G CAU GUAGC AGGU GU CGCCC CCU CUCU CCC AGGGU U UCCG CG GUGGG GGA GAGA GGG UCCCG C GACCAUCGGUAACUCGACC^ A A UU- A A AUC UCAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-3059_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047433 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUCCUCUCUGCCCCAUAGGGUGU -24
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-3059_3p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0047434 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CCUCUAGGGAAGAGAAGGUUGG -58
Get sequence
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