MirGeneDB ID | Cte-Mir-2705 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-2705 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUGCAAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-2705 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Efe-Mir-2705 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Annelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Annelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_122: 377049-377108 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2705) |
Mir-2705
CAPTEscaffold_122: 377049-377108 [+]
Ensembl
Mir-1987 CAPTEscaffold_122: 378005-378063 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAAUUGCAAAUAACAUGCGCUUUGAGGUUGGGAGCACUUGCCGUUUGCAAAUGUUGCCUUCAUUUCAUCUGCAAGGUAAAGUGCUGUCCAACUUGAUAGUGCGAACCCUCCGAGAGUAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UAAUUGCAAAUAACAUG-- UUG - -| GU A UUGCC CGCU AGGUUGGG AGCAC UUGCC UUGCA AUG U GUGA UUCAACCU UCGUG AAUGG AACGU UAC U UUAUGAGAGCCUCCCAAGC UAG G A^ -- C UUUAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | A star has not yet been recorded from this miRNA but it is deeply conserved across annelids. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cte-Mir-2705_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGAGCACUUGCCGUUUGCAAAUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cte-Mir-2705_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0013571 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UCUGCAAGGUAAAGUGCUGUCCA -60
Get sequence
|