MirGeneDB ID | Dme-Mir-4969 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4969 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGUAAAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dme-mir-4969 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dsi-Mir-4969 Dya-Mir-4969 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | D. melanogaster subgroup | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | D. melanogaster subgroup | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
3R: 21798535-21798651 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4969) |
Mir-999
3R: 21798249-21798308 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-4969 3R: 21798535-21798651 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUAUGUUUUUGUAUGGAUUUUUCGGCGUGGCGGUAAAUUGAAUGAUGAGUGGGAGGAUGUCGCUGCCAUUGUUUGGUUGAUAAGGGAGCCUGGCGCACUAUUACCUGGCUCUCUGAAACGAGAGCCCACCUGUCAAUCAAUACCACCCCGCCGAUGCGACAUCAUCAUAAUAAUCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 70 80 AUAUGUUUUUGUAUGGAUUUU--| U C AA A GA AGGAUGUCGCUGCCAUUGUUUGGUUGAUAAGGGAG UCGGCG GG GGUA UUGA UGAU GUGGG \ AGCCGC CC CCAU AACU ACUG CACCC C UACUAAUAAUACUACUACAGCGU^ C A -- A UC GAGAGCAAAGUCUCUCGGUCCAUUAUCACGCGGUC 170 160 150 140 130 120 110 100 90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dme-Mir-4969_5p |
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mirBase accession | MIMAT0020195 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGGUAAAUUGAAUGAUGAGUGGGA -24
Get sequence
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Star sequence | Dme-Mir-4969_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0020196 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
95- CCACCUGUCAAUCAAUACCACC -117
Get sequence
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